Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes erfolgte im Jahre 1344, damals noch unter dem Namen Conradisdorff. Bereits 1378 bestand eine Mühle "auf der Insel". 1570 wird die Mahl- und Brettmühle an der Kleinolbersdorfer Straße urkundlich erwähnt. Um 1845 bestand bereits neben ihr ein Spinnereibetrieb.1856 kauft Alwin Schreiber beide Gebäude und beginnt 1859 mit der Herstellung von medizinischen Watten. 1895 besaß Schreiber gleichfalls eine erste lose Faserstoffbleiche in seiner Fabrik. Gefärbt und gebleicht wurde bis 1878. Ab 1905 wechselte das Unternehmen mehrmals den Besitzer und erweiterte ständig sein Produktionsprofil. Neben der Herstellung von Verbandwatte wurde auch technische Watte sowie nach dem II. Weltkrieg Polsterwatte produziert. Heute ist sie die älteste sächsische Wattefabrik und produziert weiter unter dem Namen FLEXITEX. Neben der Wattefabrik befand sich noch eine Grobgarnspinnerei im Ort.
 
Noch heute produziert die Drechslerei, die bereits 1997 ihr 100jähriges Jubiläum hatte. 1929 wurde Kunnersdorf nach Erdmannsdorf eingemeindet. Die bis dahin stark ländlich geprägten Strukturen blieben auch über die Jahre erhalten. Große Teile landwirtschaftlicher Flächen werden durch die AGRAR GmbH "Am Kunnerstein" bzw. durch einen Wiedereinrichter bewirtschaftet. 1998 erfolgte die Aufnahme von Kunnersdorf in das Förderprogramm zur Dorferneuerung (Sächsisches Dorfentwicklungsprogramm).